Michel sau đó đã được bầu vào Phòng đại diện liên bang kể từ năm 1999, đại diện cho Walloon Brabant, một thành trì của Đảng MR.

Năm 2000, ông trở thành Bộ trưởng Bộ Nội vụ trong Chính phủ Wallonie khi mới chỉ 25 tuổi, và ông trở thành Bộ trưởng trẻ nhất trong lịch sử của Bỉ.[1]

Ở cấp địa phương, ông được bầu làm Ủy viên hội đồng thành phố Wavre năm 2000. Đến năm 2006, ông trở thành thị trưởng của thành phố. Trong năm 2007, Michel đã trở thành Bộ trưởng Bộ Hợp tác Phát triển trong Chính phủ Verhofstadt III và sau đó là trong Chính phủ Leterme I, Van Rompuy và Leterme II.[2]

Năm 2009, ông tuyên bố mình bị sốc bởi lời phát biểu của Đức Giáo hoàng Benedict XVI tuyên bố rằng, bao cao su có thể có tác dụng tiêu cực đến tình hình diễn tiến bệnh AIDS, "đáng kinh ngạc, tai tiếng và thậm chí vô trách nhiệm", đó là những lời thoại của ông.[3]

Sau khi các cuộc bầu cử khu vực diễn ra vào tháng 6 năm 2009, Michel là thành viên của một nhóm yêu cầu Chủ tịch đảng MR Didier Reynders nên từ chức. Sau khi thất bại trong cuộc bầu cử liên bang tháng 6 năm 2010, Reynders cuối cùng cũng đã phải từ chức. Charles Michel sau đó tuyên bố sẽ ra ứng cử của ghế Chủ tịch đảng MR. Trong tháng 1 năm 2011, ông chính thức được bầu làm Chủ tịch của đảng MR sai khi từ chức Bộ trưởng Hợp tác Phát triển. Charles Michel và Didier Reynders là đối thủ lâu năm trong đảng của họ.[4]

Michel là một chính trị gia được bổ nhiệm trong việc hình thành chính phủ mới của Bỉ năm 2014. Và vào ngày 7 tháng 10 năm 2014, một thỏa thuận chung đã đạt được giữa bốn bên tham gia thành lập chính phủ mới, Michel đã được đề xuất để lãnh đạo Chính phủ, và ông chính thức trở thành tân Thủ tướng của Bỉ.